精力放回中枢，全力推动“格物院”的升级与扩张。
首先，是地位的提升与机构的独立。李瑾奏请，将“格物院”从将作监下属独立出来，升格为与秘书省、殿中省、内侍省等并列的、直属于天子的独立机构，全称“集贤殿格物院”，以示其“汇集贤才，格物致知”的崇高宗旨。李瑾亲兼首任“知格物院事”，并挑选了数名通晓实务、思想开明的官员和学者担任副职。
其次，是规模的急剧扩张。原格物院蜗居在将作监一角，不过数十间屋舍。李瑾划拨巨额经费，在洛阳城南、洛水之滨，择地百顷，兴建庞大的新院区。新院区规划宏大，分为多个区域：百工坊（各类工匠实验、制作场所）、藏书阁与绘图楼（收藏典籍、图纸、海图、地理资料）、算学馆与观星台（数学、天文研究）、博物苑（搜集奇珍异兽、矿石、植物标本）、医道馆（医药、解剖研究）、讲学堂与生员宿舍。其规模建制，几乎相当于一所小型的综合性大学。
再次，也是最具突破性的，是人才招募方式的变革。李瑾深知，传统的科举取士和门荫制度，难以选拔出他所需的实用人才。他亲自拟定并报请批准了全新的《格物院征辟条例》：
1. 广开才路，不分士庶：明确宣告，凡通晓一技之长，无论出身士农工商，甚至僧道、蕃客，只要身家清白，有一技之长，皆可自荐或由人保荐，经考核后入院。优秀者，不仅给予丰厚薪俸，还可授予“待诏”、“直院”、“博士”等官职衔，享有相应的政治待遇和社会地位。此举打破了“工之子恒为工”的阶层壁垒，也向天下传递了“技艺亦可通显”的强烈信号。
2. 分科考核，注重实绩：考核不再以经义文章为主，而是分门别类。欲入“百工坊”者，需现场演示技艺，或呈交发明模型、图纸；欲入“算学馆”者，需解答难题，演示算法；欲入“医道馆”者，需有行医经验或独特验方；欲入“航海科”者，需熟悉海情、能辨识星象…… 一切以实际能力为准。
3. 高薪厚禄，吸引顶尖人才：格物院各级职事的薪俸，远高于同级朝廷官员。对能解决重大技术难题、有重要发明创造者，更有重金赏赐，甚至可能赐爵。李瑾深知，没有实实在在的利益，难以吸引真正的人才投身于这被士林轻视的“匠作”之中。
4. 设立“生员”制度，培养后备力量：面向全国招收十五至二十岁的聪慧少年，不拘出身，通过基础算学、识字考核后，可入院为“生员”，享受食宿补贴，系统学习算学、格物基础、制图、文书
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